Toimivallan jako ja sovellettava laki
Kilpailuviranomaisen tutkittavana olevaan järjestelyyn sovellettavan lain valinta ratkaistaan ns. kauppavaikutuskriteerin avulla. Jos tarkasteltavana oleva järjestely voi vaikuttaa hyödykevirtoihin EU:n jäsenmaiden välillä joko negatiivisesti tai positiivisesti (kauppavaikutuskriteeri), kilpailunrajoitus on omiaan vaikuttamaan EU:n jäsenvaltioiden väliseen kauppaan. Tällöin kilpailuviranomaisen on sovellettava järjestelyn arvioimiseen Euroopan unionin toiminnasta tehdyn sopimuksen 101 ja 102 artikloja ja näiden nojalla annettuja sääntöjä sekä Euroopan yhteisöjen tuomioistuinkäytäntöä. Jos kauppavaikutuskriteeri ei täyty, sovelletaan kansallista kilpailulakia. Suomessa kilpailulainsäädäntö on lähes täysin harmonisoitu EU-kilpailuoikeuden kanssa, joten melkein poikkeuksetta kummankin säännöstön soveltaminen johtaa samaan lopputulokseen.
EU-kilpailuoikeuden soveltuminen tutkittavaan järjestelyyn luo Euroopan komissiolle toimivallan. Toisaalta myös jäsenvaltioiden kansalliset kilpailuviranomaiset ovat velvollisia soveltamaan suoraan EU-kilpailuoikeutta aina silloin, kun kauppavaikutuskriteeri täyttyy.
Tapausten käsittely jakautuu Euroopan komission ja jäsenmaiden kansallisten kilpailuviranomaisten kesken luodussa verkostossa (ECN) sille taholle, jolla on parhaat edellytykset tutkia asia. ECN-verkoston ideana on se, että millä tahansa verkoston jäsenellä käsiteltävänä oleva kilpailunrajoitusasia voidaan siirtää viranomaiselta toiselle/maasta toiseen/ komission ja kansallisen kilpailuviranomaisen välillä tarkoituksena löytää joustavasti kullekin tapaukselle paras käsittelypaikka. Komissio on verkoston myötä saanut mahdollisuuden vaikuttaa kansallisten viranomaisten päätösten sisältöön ja viime kädessä ottaa merkityksellisiksi katsomansa kilpailuasiat tutkittaviksi Brysseliin.
Yrityskauppavalvonta muodostaa poikkeuksen toimivallanjakoa koskevassa kysymyksessä, sillä keskittymien osalta noudatetaan yhden luukun periaatetta. Yrityskauppa kuuluu aina joko kansallisten kilpailuviranomaisten tai EU:n komission yksinomaisen toimivallan piiriin.